Vous serez affecté·e au LCPME (Équipe Microbiologie Environnementale) localisée sur le Campus Brabois Santé de l’Université de Lorraine, et travaillerez en interaction avec d’autres laboratoires impliqués dans le projet IMPACT Antibiorésistance.
Vous prendrez part au « Work Package 3 » du projet IMPACT Antibiorésistance de l’ISITE Initiative d’Excellence Lorraine (https://factuel.univ-lorraine.fr/article/lancement-officiel-du-projet-impact-abr-i-site-lorraine/) qui s’échelonne sur quatre années. Cette partie du projet vise à mieux comprendre la dissémination environnementale de l’antibiorésistance via les éléments génétiques mobiles (plasmides, ICE, bactériophages). Ce Work Package est déployé sur trois types d’environnement : le milieu agricole, l’aquaponie, l’épuration des eaux usées. Dans tous les cas, il s’agira d’évaluer la prévalence de certains éléments génétiques mobiles et de l’antibiorésistance le long d’un continuum « activité anthropique - environnement ».
Vos missions :
Mission 1 : Biologie moléculaire environnementale
- Réaliser des prélèvements environnementaux
- Extraire des ADN de communautés bactériennes du sol, de rhizosphères/rhizoplans, de boues, …
- Évaluer la qualité des extraits et les conditionner pour envoi en séquençage (métabarcoding) ou PCR quantitative haut débit.
- Réaliser des quantifications de gènes ciblés par ddPCR/qPCR
Mission 2 : Expériences d’invasion biologique en conditions contrôlées
- Préparer et conduire des expériences en pilotes (croissance de plantes en phytotron, conduite de pilotes aquaponiques, simulation de réacteurs pour le traitement de boue de station d’épuration)
- Mesurer des paramètres globaux rendant compte de l’état de fonctionnement des pilotes.
- Injecter un microorganisme traçable par des techniques de biologie moléculaire et mesurer sa persistance.
Mission 3 : Gestion des données
- Participer à la collecte des données de l’ensemble des participants
- Construire une base de données et archiver les données collectées au fil de l’eau
- Participer aux analyses de données avec le groupe
Microbiologiste de formation, vous maitrisez la biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR, …) et vous avez une appétence pour la microbiologie environnementale ou l'écologie.
Un diplôme de niveau bac+2 est requis.
Vous savez faire preuve de rigueur dans la mise en place et la réalisation des expériences.
Vous avez le sens de l'organisation.
Vous êtes en capacité de vous former à de nouvelles techniques ou méthodes d'analyses de résultats.
Contrat de 12 mois.
Prise de poste dès que possible.
Les candidatures sont attendues pour le 14 avril au plus tard.